Svend Aage Madsen er leder af flere forskningsprojekter på Rigshospitalet inden for forskning i mænds sundhed og sygdom, og han har forestået den første danske videnskabelige konference med oplægsholdere fra hele Norden på området. Der er nu etableret (2008) et Ph.D.-projekt i psykologisk forskning i Men’s Health. Selv arbejder han med forskning i psykoterapi med mænd – dels med mænd som fædre med fødselsdepressioner og dels med mænd mere generelt, bl.a. mænd med depressioner. Desuden arbejder Svend Aage Madsen med at udvikle undervisnings- og træningsprogrammer for professionelle, der kommunikerer med mænd om sundhed og sygdomme, og professionelle, der behandler mænd med psykologisk intervention.